Le tronc commun du programme (90 crédits) comprend obligatoirement un mémoire (28+2 crédits), un séminaire d'heuristique et un d'intégration théologique (2 x 4 crédits). Les autres activités couvrent les divers domaines des études théologiques et sont proposées sous forme de cours bisannuels. Chaque étudiant configure son programme en se basant sur les grilles proposées ci-dessous. Il retient également une des deux finalités disponibles (approfondie ou didactique) pour un total de 30 crédits.

Le programme de chaque étudiant comptera au moins 60 crédits par année.
Il doit être approuvé par le président de la Commission des masters de la Faculté (TEMA).

L'étudiant qui le souhaite peut, avec l'accord dudit Président, remplacer des activités de son programme par des activités équivalentes figurant au programme des Masters de la KULeuven (Faculteit Godgeleerdheid). Le total des activités suivies à Leuven ne dépassera pas 20 crédits. Au-delà de 20 crédits, l'étudiant est invité à s'inscrire dans le programme d'échange figurant dans la convention entre les deux Facultés.