Les modes d’évaluation sont précisés dans le cahier de charges de chaque activité. Pour les séminaires, une évaluation formative est prévue.

L’évaluation peut se faire principalement sous forme d’examen classique oral ou écrit et de travaux écrits avec évaluation formative.

En deuxième année de Master, toutes les activités relevant de la finalité approfondie (y compris l’activité comprise dans le tronc commun de la spécialité choisie par l'étudiant) fera l’objet d’une évaluation unique consistant à vérifier en fin de deuxième master l’aptitude à la recherche par un "examen de maturité" dans la discipline théologique retenue. Cette évaluation prendra également en compte un travail écrit rédigé au terme du séminaire de recherche de deuxième année. Comme pour le mémoire, la note de cette évaluation sera pondérée de manière à en refléter l’importance effective relativement aux autres examens.