Le master en biologie des organismes et écologie comporte un tronc commun de 54 crédits, une finalité de 30 crédits, ainsi que le choix (obligatoire) de 3 modules parmi les 8 modules proposés. L'étudiant complète son programme par des UE au choix, au sein de la liste de cours au choix, des modules non choisis ou d'autres UE de l'UCL, de l'UNamur ou d'autres universités.
L'étudiant qui s'inscrit à la finalité spécialisée "biologie environnementale" a la possibilité de suivre la formation interdisciplinaire en création d'entreprise (CPME) dans le cadre de son programme de master. Cette formation n'est toutefois accessible qu'à la suite d'une procédure de sélection sur base d'un dossier de candidature et d'une interview (voir https://uclouvain.be/cpme.html (https://uclouvain.be/cpme.html)).
Pour un programme-type, ce master totalisera, quels que soient la finalité, les options et/ou les cours au choix sélectionnés un minimum de 120 crédits répartis sur deux blocs annuels correspondant à 60 crédits chacun.