L'interdisciplinarité est au coeur même de ce programme, où les religions ne sont envisagées qu'en interaction étroite avec la philosophie, la socio-anthropologie, la psychologie, le droit et la théologie.
Les activités du tronc commun offrent une initiation à la méthode dans chacune des disciplines majeures des sciences des religions, l'apprentissage d'une méthode d'analyse pluridisciplinaire des faits religieux se faisant dans deux séminaires animés par une équipe d'enseignants, elle-même pluridisciplinaire. L'ancrage des questions religieuses dans des problématiques très contemporaines permet des études de cas, des approches par problème impliquant la mobilisation de savoirs et de compétences variées, etc.
Le choix d'une des 4 filières du tronc commun permet à l'étudiant de cibler son apprentissage dans une discipline de manière à atteindre une expertise réelle et un niveau de connaissances et de compétences permettant d'envisager une recherche doctorale.