Ce programme est constitué d'un tronc commun de 57 crédits et d'un cours au choix de 3 crédits.

Le programme s'organise autour de 4 types d'activités :

- Les cours théoriques transversaux (24 crédits)
7 cours obligatoires de 2 à 4 crédits + 1 cours au choix de 3 crédits à choisir dans le programme de 2e cycle UCL

- Les cours-ateliers (16 crédits)
La notion de "cours-atelier" renvoie à un enseignement conçu dans une optique interdisciplinaire et intégrée. Une large part y est donnée au travail de groupe.
Chaque cours-atelier est développé sur 15 semaines à raison d'un jour par semaine. Le programme de Master complémentaire propose deux cours-ateliers:
- Planification stratégique (8 crédits au premier quadrimestre)
- Urbanisme opérationnel (8 crédits au deuxième quadrimestre)
Les cours-ateliers sont préparés et animés par une équipe pédagogique de quatre ou cinq co-titulaires. Un coordinateur est chargé de stimuler les échanges entre enseignants dès la préparation, d'assurer la cohérence entre les enseignements, d'organiser la participation ponctuelle d'intervenants invités et de coordonner l'évaluation menée sur base de travaux individuels et collectifs.
Le programme détaillé des "cours-ateliers" est arrêté en début d'année ou de quadrimestre sous l'égide de la Commission de diplôme et dans le respect des cahiers des charges définis ci-après.

- Le séminaire interdisciplinaire d'urbanisme et développement territorial (5 crédits)
Le séminaire interdisciplinaire d'urbanisme et développement territorial comprend différents types d'activités :
Conférence, visites de terrain, exposés et débats thématiques. Certaines activités sont organisées en partenariat avec l'association AULNE (Association des Urbanistes de Louvain-la-Neuve) ou dans le cadres de l'IVE (Initiative pour la Ville Européenne) et placées sous l'égide de l'APEREAU (Association pour la Promotion de l'Enseignement et de la Recherche en Aménagement et Urbanisme : https://www.aperau.org/).
Un voyage d'étude est également proposé aux étudiants. celui-ci fait généralement l'objet d'un partenariat ou d'un échange avec les étudiants de programmes homologues (Amsterdam - 2006, Strasbourg - 2004, Lausanne - 2005, Naples - 2006, Barcelone - 2007, Lyon - 2008, Toscane - 2009, Bordeau - 2010, Alger - 2011, Genève - 20012).
Comme pour les cours-ateliers, le programme détaillé des séminaires est arrêté en début d'année ou de quadrimestre sous l'égide de la Commission de programme et dans le respect des cahiers des charges définis ci-après.

- Le stage et le travail de fin d'étude (15 crédits)
La formation inclut la production et la défense d'un mémoire montrant sa capacité de maîtriser, par un travail scientifique autonome, une démarche d'analyse et de proposition contribuant à la résolution d'un problème de développement territorial posé concrètement.
Le mémoire est articulé sur un stage professionnel de minimum 300h dans une administration publique, une agence d'urbanisme, une ONG ou une association privée développant une activité dans le champ du développement territorial. Ce stage peut se dérouler en Belgique ou à l'étranger et l'étudiant est libre d'en proposer les modalités. Le stage se fait généralement au cours du deuxième quadrimestre mais il est aussi possible de le faire en étalement de programme. Les étudiants exerçant une activité professionnelle dans le domaine considéré, parallèlement au Master complémentaire, peuvent valoriser celle-ci comme stage, moyennant l'avis du bureau de la commission de diplôme. Le stage est placé sous la responsabilité académique d'un enseignant associé au programme et choisi par l'étudiant comme promoteur du mémoire. Il est réglé par une convention entre l'étudiant, son promoteur et un maître de stage dans l'Institution d'accueil.