A l'issue du bachelier, l'étudiant aura accès, dans le cadre du deuxième cycle d'études de la Faculté des bioingénieurs, à quatre masters : 

• le Master [120] bioingénieur : sciences agronomiques
• le Master [120] bioingénieur : chimie et bioindustries
• le Master [120] bioingénieur : sciences et technologies de l'environnement
• le Master [120] bioingénieur : gestion des forêts et des espaces naturels

Le choix de l'option d'approfondissement/spécialisation permettra à l'étudiant de se préparer plus spécifiquement à l'un de ces 4 masters offerts par la Faculté. Néanmoins, tous les masters de la Faculté restent ouverts aux porteurs du diplôme de bachelier en sciences de l'ingénieur, orientation bioingénieur, moyennant quelques adaptations du programme lors de l'inscription au premier bloc annuel du master si l'étudiant opte pour un master qui ne se situe pas directement dans la ligne de son approfondissement.

En cas de réorientation, l'étudiant est invité à prendre contact avec le Vice-doyen, le professeur Patrick Bogaert.

Par ailleurs, d'autres masters UCL (généralement orphelins) sont largement accessibles aux diplômés bacheliers UCL. Par exemple :

• le Master [120] en sciences de la population et du développement (accès direct pour tout bachelier),
• le Master [120] en études européennes (accès direct pour tout bachelier moyennant mineure en études européennes; sur dossier pour tout autre bachelier),
• le Master [120] en éthique (accès pour tout bachelier moyennant un complément de formation),
• le Master [120] en sciences et gestion de l'environnement (accès pour tout bachelier).