La structure générale de la formation (programmes de bachelier en Sciences de l'ingénieur, orientation bioingénieur, et de master bioingénieur) concrétise les concepts d'orientation, de choix progressifs et d'individualisation des cursi :

Dans le premier cycle (bachelier) :

• programme principalement AGRO en 1ère année (BIR11BA) suivi du programme du cycle de bachelier qui se compose comme suit:
• 2ème bloc annuel identique (BIR12BA) pour l'ensemble des étudiants BIR,
• programme différencié avec 30 crédits propres à chaque option d'approfondissement/spécialisation pour le 3ième bloc annuel: chimie (BIRC13BA), agronomie (BIRA13BA), environnement (BIRE13BA).

L'interdisciplinarité et l'approche intégrée sont des dimensions essentielles dans la formation des bioingénieurs. Ces dimensions sont soutenues par :

• l'offre d'enseignements organisés par d'autres Facultés ;
• le regroupement d'activités de formation : exercices intégrés, projet intégré, analyses de situations réelles, mises en situation ;
• la perception, l'analyse, le diagnostic et la proposition de cahiers de charges (gestion, conception de nouveaux procédés) intégrant divers types d'outils (observations de terrain, analyses de laboratoire, bases de données, biométrie, modélisation, simulation) et diverses échelles d'espace (du moléculaire à la parcelle et à l'exploitation, de la région agricole au sous-continent, et au-delà) et de temps ;
• l'implication d'équipes d'enseignants de compétences variées et complémentaires ;
• la formation et la stimulation au travail en équipe d'étudiants intégrant le développement d'une véritable capacité autonome de travail intellectuel.

La formation générale comprend différents types de prestations : cours magistraux, exercices pratiques, travaux de groupe, travaux personnels, monitorats, stage et bien entendu, étude individuelle. 

Chaque intitulé d'activité est suivi d'un nombre qui indique le nombre d'heures de ce cours par année académique. Ce nombre correspond à un enseignement magistral sauf si l'intitulé mentionne un autre mode d'enseignement (séminaires, exercices...). Lorsque des activités de formations (exercices, laboratoires, travaux pratiques...) accompagnent un ou plusieurs cours magistraux, elles sont caractérisées par un second volume horaire annuel. Une fiche descriptive de l'activité de formation est disponible sur le site web quand les crédits sont différents pour les années d'études ou les options d'un même programme.
L'horaire de cours est disponible au secrétariat de la Faculté et via le portail et/ou le bureau virtuel de l'étudiant.