Le tronc commun du master 120 offre des cours de techniques de la recherche, de communication scientifique des savoirs en histoire et d'approche épistémologique de l'histoire, ainsi que des enseignements interactifs à partir de dossiers couvrant les différentes périodes historiques dans le domaine « Gouvernance et sociétés ». 

Un vaste choix de cours à option permet tout à la fois d'approfondir des connaissances acquises dans le programme de bachelier et d'initier une démarche interdisciplinaire.

Une place toute particulière est réservée au séminaire (10 crédits) qui requiert d'importantes recherches en bibliothèques et dans les centres d'archives, ainsi qu'un substantiel travail de critique documentaire, de préparation d'une synthèse orale et écrite.

Le mémoire de master doit être  un travail personnel fondé sur des sources de première main, où l'étudiant met en oeuvre les acquis de sa formation.  Sa réalisation fait l'objet d'un encadrement suivi de la part du promoteur et d'une évaluation, en fin de première année, portant sur le repérage et la présentation critique des sources et travaux, et sur l'approche méthodologique du sujet.

Dans la finalité approfondie, option est faite de privilégier des études de cas.  Les deux autres finalités spécialisées incluent des visites et des stages en milieu professionnel.

Enfin, par ses options pédagogiques, le programme offre à des étudiants étrangers la possibilité de se familiariser avec de nouveaux champs et méthodes de la recherche, en contact étroit avec les sources.