L’apprentissage de la méthodologie spécifique de l’exégèse biblique et de la maîtrise des langues anciennes est situé essentiellement dans des séminaires et dans des activités à participation active où cet apprentissage donne lieu à des exercices pratiques faisant l’objet d’évaluations formatives. C’est là également que l’étudiant apprend à articuler dans l’exégèse des textes les apports de diverses disciplines : philologie, littérature, histoire et cultures du monde biblique, herméneutique. Par ailleurs, dans les principales activités magistrales, les cahiers des charges favorisent l’interaction entre enseignement et recherche.

Les cahiers des charges des diverses activités prévoient une variété de modes d'enseignement en fonction de l'apprentissage des langues et des méthodes exégétiques. Le fait que, dans les activités d'exégèse, des questions particulières soient envisagées favorise divers types d'approche par problème impliquant la mobilisation de savoirs et de compétences variées.

Les séminaires sont les lieux par excellence où les situations d'apprentissage peuvent être variées: travail individuel (en bibliothèque et à l’aide des outils de travail offerts par les nouvelles technologies), travail et débats en groupe, accompagnement par l'enseignant. En outre, le nombre d'étudiants favorise une interaction constante entre l'enseignant et son auditoire où les situations d'apprentissages peuvent être modulées en fonction de l'objectif à court ou moyen terme de l'activité.