A l'issue du baccalauréat, l'étudiant aura accès dans le cadre du deuxième cycle d'études de la faculté d'ingénierie biologique, agronomique et environnementale, à quatre masters intitulés : 

- Bioingénieur : Sciences agronomiques
- Bioingénieur : Chimie et bio-industries
- Bioingénieur : Sciences et technologies de l'environnement
- Bioingénieur : Gestion des forêts et des espaces naturels.