Services
La plateforme a pour but de collaborer avec la communauté scientifique de l’UCLouvain afin de fournir un soutien technique et méthodologique dans le domaine de la bioinformatique. Le support proposé inclut, en autre:
- des conseils pour la conception ou la rédaction de projets ainsi que pour la planification de designs expérimentaux
- l’analyse de données transcriptomiques, génomiques, protéomiques, métabolomiques ou épigénétiques obtenues à partir de technologies à haut-débit telles que le séquençage, les microarrays ou la spectrométrie de masse
- de l’aide pour l’exploitation de bases de données publiques (TCGA, Gtex, CCLE, ENCODE, …)
- le développement d’algorithmes et softwares dédiés.
La plateforme a également pour objectif d’organiser des formations en bioinformatique destinées aux chercheurs afin de leur faciliter l’accès à des programmes spécialisés tels que R, et de les initier aux analyses de données haut débit. Ces formations sont organisées en collaborations avec le SMCS.
Pour toute information complémentaire, nous vous invitons à prendre contact par email à l’adresse contact-cbio@uclouvain.be.
Fonctionnement de la plate-forme
Une demande de consultance suit les étapes suivantes:
- Le/la chercheur(euse) remplit le formulaire de consultance.
- Une entrevue est organisée pour clarifier les besoins et, le cas échéant, définir le coût de la prestation (voir ci-dessous). Cette première entrevue peut également servir de planification et de préparation d'expériences futures. Dans un tel cas, le/la chercheur(se) reprendra contact avec la plateforme une fois les données disponibles.
- Le/la consultant(e) récupère et analyse les données tel que convenu lors l’entrevue.
- Après présentation des résultats, une demande de paiement est envoyée au chef de service.
Tarification interne
La tarification des consultations de la plate-forme BIOINFO suit des forfaits de base évolutifs en fonction du type de données omiques (transcriptomique, protéomique, métabolomique, épigénétiques, …) , de l’analyse et de design expérimental.
- Un design expérimental simple: 1250 euros.
- Un design expérimental complexe, i.e. plus de trois groupes et/ou avec interactions: 2000 euros.
- Pour des analyses plus complexes ou développements ad hoc: à discuter.
Ces forfaits incluent le processing des données brutes, l'analyse, la présentation des résultats et l'explication des analyses, réponses aux questions futures liées à la prestation, ... jusqu'à la rédaction du matériel et méthode et la relecture de l'éventuel article avant sa soumission. Il est également convenu que le ou les bioinformaticien(ne)s ayant contribué à l'analyse des données seront co-auteurs de l'article. La nature du forfait et le coût de la consultance sont décidés de commun accord à la suite de la première réunion lors de laquelle le design et les analyses sont discutées.
Cette tarification est néanmoins loin de couvrir tous les frais réels, et deviendrait vite prohibitive si facturée au prix coûtant. Nous proposons donc aux chefs de service, en particulier à ceux ayant des besoins importants en bioinformatique, de prévoir un pourcentage de salaire ou des frais de consultance au bénéfice de la plate-forme dans leurs demandes de financement, pour ensuite bénéficier d'analyses gratuites pour la durée du projet. Laurent Gatto est à votre disposition pour discuter de la budgétisation des coûts d'analyses bioinformatiques et, le cas échéant, de contribuer à la rédaction de la partie analyse de données des demandes de financement.
Pour les CUSL, une majoration de 25% est nécessaire pour tenir compte de la PAFG (doit être comptabilisée).
Tarification externe
La tarification pour des consultances externes se fera en fonction du travail requis.