Le programme est pensé pour favoriser l'approche (inter)active par les étudiants des diverses disciplines théologiques.
En premier bloc annuel, le cours de méthodologie générale et le séminaire de méthodologie de la théologie visent un accompagnement optimal du groupe des étudiants et de chacun en particulier.
Toujours en premier bloc annuel, une initiation théorique et pratique aux instruments de travail de base, par exemple aux sources accessibles à la bibliothèque et sur internet, (avec réalisation de travaux de groupes supervisés supposant la découverte de contenus de savoir) sera assurée par les enseignants de la plupart des disciplines, et ce, à l'intérieur de chacun des cours d'introduction, assurant dès le départ un rapport actif au travail théologique.
En deuxième bloc annuel, un cours de méthodologie complète la formation reçue en premier bloc annuel.
Dans la plupart des cours, les activités prévoient un volume de travail conséquent permettant de développer une pédagogie active initiant l'étudiant à une approche participative pour les diverses disciplines théologiques et en sciences des religions.
Certains cours du bachelier peuvent être suivis "à distance" à l'aide de la plate-forme interactive Moodle. Le choix de ces cours pourra aller jusqu'à une année de 60 crédits et doit nécessairement être validé par le responsable de programme à l'inscription. Dans ce cas, ces cours seront obligatoirement évalués sur place par oral et/ou écrit.