Chaque cours fait l’objet d’une ou plusieurs évaluations, sous la forme d’examens écrits et/ou oraux, organisés en deux sessions principales : l’une en janvier, l'autre en juin. La session de septembre offre une possibilité de rattrapage.
Les modalités précises de l’examen sont communiquées aux étudiants au début de chacun des cours. Ces évaluations visent à évaluer les acquis de l’étudiant tels que définis dans les objectifs du cours. Pour les éléments pratiques de la formation (travaux pratiques, séminaires et travaux), l'évaluation est continue et éventuellement complétée par une évaluation finale. Elle met l’accent sur les savoir-faire dans les domaines des sciences de la santé et des sciences pharmaceutiques et sur la capacité de l’étudiant à aborder un problème pharmaceutique par une approche scientifique.
L’évaluation de certains séminaires et de travaux vise à apprécier l’intégration des diverses disciplines des sciences pharmaceutiques par l’étudiant. Par ailleurs, le Master se termine par un examen oral interdisciplinaire intégré où l’étudiant est amené à analyser une prescription d’un ou plusieurs médicaments sous divers aspects des sciences pharmaceutiques (en particulier la chimie, la galénique et la pharmacologie).