Ce programme peut être suivi en présentiel (à Louvain-la-Neuve) ou à distance. La pédagogie des deux modalités est semblable.
L’apprentissage de la méthodologie spécifique de l’exégèse biblique et de la maîtrise des langues anciennes est situé essentiellement dans des séminaires et dans des activités où l'étudiant est invité à s'impliquer fortement dans des exercices pratiques faisant l’objet d’évaluations formatives. Cette pédagogiqe apprend à l’étudiant à articuler les apports de diverses disciplines : philologie, littérature, histoire et cultures du monde biblique, herméneutique. Par ailleurs, les cours favorisent l’interaction entre enseignement et recherche.
Les cahiers des charges des diverses activités prévoient une variété de modes d'enseignement en fonction de l'apprentissage des langues et des méthodes exégétiques. Divers types d'approche par problème impliquent la mobilisation de savoirs et de compétences variées.
Les modalités d'apprentissage sont par excellence variées : travail individuel (en bibliothèque et à l’aide des outils de travail offerts par les nouvelles technologies), travail et débats en groupe (ou, pour les étudiants de la modalité à distance, par forum de discussion), accompagnement par l'enseignant.