Le choix d'une des 5 filières de la finalité approfondie permet à l'étudiant de ne pas se disperser dans l'approfondissement de multiples méthodologies (exégèse biblique, histoire, réflexion dogmatique, éthique et pastorale), mais au contraire de cibler son apprentissage dans un domaine, de manière à atteindre un niveau suffisant au cas où il envisagerait une recherche doctorale. Dans ce cas, l'accompagnement par l'enseignant peut être personnalisé, l'apprentissage de la méthodologie spécifique d'une discipline théologique étant situé dans des séminaires de recherche où la méthodologie propre à la discipline donne lieu à des exercices pratiques faisant l'objet d'évaluations formatives.
Pour la finalité didactique, l'ampleur du tronc commun (qui, avec le mémoire, est de 90 crédits) permet que l'apprentissage du métier d'enseignant ne se fasse pas au détriment d'une solide formation de base aux diverses disciplines théologiques et à leurs méthodes propres.
L'interdisciplinarité entre les domaines de la théologie (mais aussi avec la philosophie et les sciences humaines) est favorisée spécifiquement dans les deux séminaires généraux (THEO2110 De l'heuristique à la communication scientifique en théologie [1re année] et THEO2000 Séminaire d'intégration théologique [2e année]). Dans les diverses disciplines, l'interdisciplinarité est structurelle. Ainsi, par exemple, l'exégèse biblique articule la philologie, l'histoire, les théories littéraires ; la théologie dogmatique et l'éthique recourent à la philosophie, à l'histoire de la pensée et à diverses sciences humaines ; la théologie pastorale s'appuie sur la sociologie, l'anthropologie et la psychologie.
Situations d'apprentissage et stratégies d'enseignement. Les cahiers des charges des activités prévoient une variété de modes d'enseignement en fonction de ce qui est le plus pertinent par rapport à la discipline théologique envisagée et à sa méthodologie propre. Le fait que, dans la plupart des activités des questions spéciales soient envisagées permet une étude de cas, une approche par problème impliquant la mobilisation de savoirs et de compétences variées.