D'autre part, le lien entre apprentissage théorique et application à des cas pratiques est au centre de la pédagogie développée dans les différentes unités d'apprentissage.
Les étudiants doivent réaliser des travaux personnels interdisciplinaires, seuls ou en en groupe, ils doivent organiser leurs activités et travailler en équipe, avoir un regard critique sur le contenu des publications (méthodologies et résultats) et sur les méthodes de travail. Le thème de certains travaux est à choisir en fonction de l'expérience personnelle de chacun.
Durant sa formation, l'apprenant sera confronté à la diversité des approches dans la recherche en santé publique. Il apprendra au moyen d'une combinaison de cours théoriques et pratiques, d'exercices intégrateurs, de travaux personnels à appliquer de manière pertinente les résultats de la recherche pour une meilleure prise de décision. Il bénéficiera de l'appui d'enseignants qui ont une expérience de conduite de recherche et de mise en application dans les pays du Sud.