Parallèlement à sa formation pratique, le candidat spécialiste suit un enseignement universitaire organisé de la façon suivante :
 
Première partie - Formation de base
 
Durant les 2 premières années (3e année de baccalauréat et 1ère année de master en science dentaire), le candidat est tenu de suivre tous les cours théoriques et pratiques sauf ceux dont il est dispensé en raison de son diplôme de docteur en médecine ou de médecin. En outre, le candidat suivra 90h de cours théoriques et 170 heures de cours pratiques par an :

• journal-club (45h)
• staff de service (45h)
• assistance aux activités cliniques du service (consultations, interventions chirurgicales, gardes) (135h)
• participation à des cours et congrès, nationaux et internationaux (20h)
• participation à l'enseignement inter-universitaire belge (15h) 

Ces deux années constituent la formation universitaire spécifique (FUS).
 
Durant la troisième année, le candidat suit tous les cours théoriques et pratiques de la deuxième année de master en science dentaire et commence à suivre les activités de formation supérieure décrite ci-dessous.
 
N.B. : les candidats sont inscrits conjointement comme étudiants en BAC3 DENT puis en master en science dentaire et comme assistants candidats spécialistes durant les 3 premières années.
 
Deuxième partie - Formation supérieure
 
La formation supérieure comprend :

• Cours de compléments de stomatologie (60h)
• Policlinique de stomatologie (90h)
• Tours de salle de stomatologie (45h)
• Discussions de cas cliniques de stomatologie (30h)
• Démonstrations opératoires de stomatologie (135h)
• Séminaire de stomatologie (45h)
• Participation à l'enseignement inter-universitaire belge (15h)