Parallèlement à sa formation pratique, le candidat spécialiste suit un enseignement universitaire organisé de la façon suivante :
 
Première partie - Formation de base
 
Trois années de formation comprenant :

• Un enseignement théorique : Questions approfondies de médecine interne pédiatrique, Questions approfondies de médecine d'urgence et de soins intensifs pédiatriques, Compléments de pédiatrie sociale et de prévention scolaire, Compléments de psychopathologie de l'enfant
• Des séminaires : Séminaire de pédiatrie, Séminaire de soins intensifs et de néonatologie
• Une formation clinique encadrée : Policlinique de pédiatrie, Policlinique de néonatologie, Policlinique de soins intensifs

 
Les deux premières années de la formation de base constituent la formation universitaire spécifique (FUS)
 
Deuxième partie - Formation supérieure
 
Deux années de formation comprenant :
 

• Un enseignement théorique : Questions approfondies de nutrition et de croissance, Compléments de cardiologie et de pneumologie pédiatriques, Compléments de neurologie pédiatrique et de maladies métaboliques, Compléments d'hématologie, d'oncologie et d'immunologie
• Des séminaires : Séminaire de cardiologie pédiatrique, Séminaire d'hématologie et d'oncologie pédiatrique
• Une formation clinique encadrée : Policlinique de cardiologie et de pneumologie pédiatriques, Policlinique d'endocrinologie pédiatrique, Policlinique d'hématologie et d'oncologie pédiatriques, Policlinique de gastro-entérologie pédiatrique