Dans chacune des filières de spécialisation, le programme de formation est constitué de 60 crédits au minimum.
Ce programme comprend :
 

• un tronc commun de 30 crédits comprenant
     
      > un travail de recherche (mémoire) réalisé dans un laboratoire de l'une des six institutions organisant le Master  (27 crédits),
      
      > des séminaires transversaux et un travail personnel (3 crédits) : les étudiants suivent des séminaires communs aux différentes filières et réalisent un travail sur des thèmes transversaux tels que l'éthique, les aspects économiques, les applications des nanotechnologies, la toxicité des nanomatériaux; ces séminaires sont organisés sous la forme de journées thématiques à tour de rôle par les institutions partenaires du programme; les séminaires transversaux sont obligatoires à toutes les filières et rassemblent tous les étudiants du Master;
  
   
• une formation spécialisée (au moins 8 crédits) constituée de quatre cours de formation de base dans chacune des quatre disciplines (phénomènes fondamentaux, nano-fabrication ou nano-synthèse, caractérisation des nanostructures et simulation à l'échelle nanoscopique) : plusieurs cours de formation de base sont proposés pour chacune des disciplines, dans chacune des filières de spécialisation, permettant de s'adapter aux connaissances préalables des étudiants; l'étudiant devra nécessairement choisir au moins un cours dans chacune des quatre disciplines;
   
• d'options sous la forme de cours au choix (10 à 22 crédits)
   

En fonction de sa formation préalable, l'étudiant pourra suivre des cours de formation générale (maximum 9 crédits), en particulier en chimie et physique des solides, en chimie et physique des macromolécules, en biochimie et en biophysique,...
 

L'étudiant établit, avec l'aide d'un conseiller, un programme d'études cohérent en fonction de la filière de spécialisation visée et du travail de fin d'études choisi et adapté à ses compétences acquises.  Moyennant l'accord de son conseiller, il est possible de prendre des cours au choix hors de la filière visée voire hors du programme de master.

Au sein d'une des filières de spécialisation, l'étudiant établit, avec l'aide d'un conseiller, un programme d'étude cohérent et adapté à ses compétences acquises. Moyennant l'accord de son conseiller, il est possible de prendre des cours au choix hors de la filière suivie, voire hors du programme du Master.
Si au cours de son parcours académique antérieur, l'étudiant a déjà suivi un cours proposé, ou un cours jugé équivalent, il ne peut inscrire celui-ci à son programme de formation.

Le programme de formation totalisera quelle que soit la filière de spécialisation choisie un minimum de 60 crédits. Il pourra atteindre 75 crédits si une mise-à-niveau intensive est jugée nécessaire par la commission de gestion du programme en fonction du passé de l'étudiant (cfr. conditions d'admission).
Le programme ainsi établi sera soumis à l'approbation de la commission inter-académie de gestion du Master.