Parallèlement à sa formation pratique, le candidat spécialiste suit un enseignement universitaire organisé de la façon suivante :
 
Première partie 
 
Une formation interuniversitaire consistant en des cours magistraux sur différents sujets de la médecine physique et de la réadaptation traitant du diagnostic et de l'évaluation des lésions, incapacités et handicaps et des traitements en médecine physique et réadaptation des affections de l'appareil locomoteur dont l'étiologie est traumatique, orthopédique, rhumatismale, neurologique, congénitale ou liée à une pathologie internistique. Cette formation doit préparer le MACCS à la connaissance de la réadaptation de l'enfant et de l'adulte tant fonctionnelle que sociale et professionnelle (y compris la prise en charge de la douleur et le reclassement). Il s'y ajoute une formation complémentaire dans le domaine de la réadaptation pulmonaire et/ou cardiaque. Les heures de cours interuniversitaires sont au minimum au nombre de 30h par an dont 4h.d'algologie.
 
Une formation intra-universitaire comprenant :

• MEFY2120 : Réhabilitation motrice et compléments de médecine physique [15h]
• Exercices encadrés (30h par an)
• Assistance aux séminaires de médecine physique et réadaptation des différents lieux de stages agrées (voir sujets dans les différents domaines de la médecine physique et de réadaptation liés à la spécialité ci-dessus), ainsi qu'à des congrès scientifiques de la spécialité, à certifier dans le carnet de stage. (30h par an)
• Assistance, chaque année, à des séminaires dans d'autres spécialités (neuro-locomoteur, radiologie, réadaptation cardiaque, réadaptation pulmonaire, réadaptation pédiatrique, etc.) et comprenant 10 heures d'algologie (anesthésie, psychiatrie, etc.) à certifier dans le carnet de stage (30h par an)

L'enseignement théorique des deux premières années s'inscrit dans la formation universitaire spécifique (FUS).
 
Deuxième partie
 
Après les deux première années, le MACCS continue sa formation avec, entre autres :

• Assistance à des séminaires de perfectionnement en médecine physique et réadaptation (à certifier dans le carnet de stage)
• Assistance à des réunions scientifiques nationales et internationales
• Participation active annuellement à, au moins, un séminaire intra-universitaire
• Publication d'un article scientifique comme auteur principal soit dans une revue avec comité de lecture représentative de la spécialité ou d'une spécialité annexe (orthopédie, neurologie, rhumatologie, etc.), soit indexée dans le Medline. Lorsqu'il s'agit d'une revue non indexée dans le Medline, l'accord préalable du responsable académique du master doit être obtenu. En outre, le candidat spécialiste présente au cours de sa formation au moins une fois une communication dans une réunion scientifique nationale ou internationale.
• La commission d'enseignement recommande la présentation à l'examen du Board européen de la spécialité.