Les deux formations principales de la FSM sont la kinésithérapie et réadaptation (KINE) et l'éducation physique (EDPH). Elles évoluent dans un environnement de plus en plus large, celui des sciences de la motricité. 

Au début de leur programme de bachelier en kinésithérapie et réadaptation, les étudiants partagent leur formation générale en sciences et une partie de celle en sciences de la motricité avec les étudiants du programme de bachelier en d'éducation physique. L'étudiant qui souhaiterait obtenir les deux diplômes réalisera plus facilement cette double formation en la débutant par la formation en éducation physique.

Le programme de bachelier en kinésithérapie comprend 180 crédits, répartis en trois années d'études.

La première année du programme de bachelier offre une formation de base en sciences exactes et biomédicales (35 crédtis) et en sciences humaines (6 crédits).  Une formation pratique spécifique (15 crédits) oriente l'étudiant vers son futur métier, tandis qu'une formation psychomotrice de base (4 crédits) le sensibilise à la pratique des activités physiques. La spécificité de la formation en kinésithérapie et réadaptation est donc bien présente dès le début de la formation et elle se renforce encore dès la deuxième année.

La deuxième année du programme de bachelier est particulièrement orientée vers la formation théorique et pratique spécifique à la kinésithérapie (33 crédits), complétée par une formation aux sciences exactes et biomédicales (15 crédits), à la formation motrice (8 crédits) et à la formation en langues (4 crédits).

En troisième année, quatre mois de stage (25 crédits) concrétisent l'approche sur le terrain du métier de kinésithérapeute en s'appuyant sur la formation théorique et pratique spécifique à la kinésithérapie (15 crédits), la formation aux sciences exactes et biomédicales (14 crédits), la formation en langues (2 crédits). Un cours de spécialisation au choix (4 crédits) complète le programme.