L'étudiant complète son programme par des cours au choix. Ceux-ci sont sélectionnés librement parmi les programmes de sciences exactes ou médicales de l'UCL ou de la FTW/KULeuven, moyennant l'accord d'un conseiller membre de la commission de programmes en chimie et physique appliquées (FYKI). En particulier, les cours apparaissant dans les options du master ingénieur civil en chimie et science des matériaux sont aussi accessibles à titre de cours au choix. L'attention des étudiants est également particulièrement attirée sur les cours des masters ingénieur civil physicien, électricien, mécanicien ou en génie biomédical.