Parallèlement à sa formation pratique, le candidat spécialiste suit un enseignement universitaire organisé de la façon suivante :
 
Première partie - Formation de base
 
Trois années à temps plein comprenant :  

• Un enseignement théorique
• Une formation clinique encadrée
• Des séminaires
• Des cours de master complémentaire interuniversitaire : organisé par les trois universités francophones.

L'enseignement théorique des deux premières années s'inscrit dans la formation universitaire spécifique (FUS).
 
Deuxième partie - Formation supérieure
 
Deux années à temps plein comprenant :

• Une formation clinique encadrée à temps plein dont au moins 12 mois doivent être réalisés dans un service universitaire de médecine interne générale
• Un enseignement théorique : cours interuniversitaire de médecine interne (advanced course of internal medicine) organisé par l’ensemble des facultés de médecine du pays
• Des séminaires locaux