Parallèlement à sa formation pratique, le candidat spécialiste suit un enseignement universitaire organisé de la façon suivante :
 
Première partie - Formation de base (FUS)
 
Ces deux premières années de formation comprennent 

• Un enseignement théorique : Compléments d'anatomie pathologique, Cytologie clinique, Histochimie et cytochimie pathologiques
• Des séminaires
• Une formation clinique encadrée : Démonstrations et protocoles d'anatomie pathologique (autopsies et pièces opératoires)
• Stages d'anatomie pathologique dans les laboratoires agréés par le Ministère de la santé publique et reconnus par la Commission d'enseignement d'anatomie pathologique. La formation comprend la pratique et l'interprétation des autopsies du point de vue macro- et microscopique, et l'examen des pièces opératoires ainsi que les bases anatomo-pathologiques de la médecine légale.

Deuxième partie - Formation supérieure
 
Trois années de formation comprenant

• Un enseignement théorique : Questions d'anatomie pathologique spéciale, Anatomie pathologique spéciale du système nerveux et des muscles
• Des séminaires : Séminaires d'anatomie pathologique spéciale, Séminaire de dermatopathologie et immunopathologie cutanée
• Une formation clinique encadrée : Démonstrations et protocoles d'histodiagnostic en anatomie pathologique spéciale, y compris la neuropathologie
• Stages dans les laboratoires agréés et portant sur l'examen de biopsies et de matériel cytologique dans divers secteurs de la pathologie.