Parallèlement à sa formation pratique, le candidat spécialiste suit un enseignement universitaire organisé de la façon suivante : 
 
Première partie - Formation de base 
 
Trois années à temps plein comprenant : 

• Un enseignement théorique
• Des séminaires
• Une formation clinique encadrée

 L'enseignement théorique des deux premières années s'inscrit dans la formation universitaire spécifique (FUS).
 
Deuxième partie - Formation supérieure 
 
Trois années à temps plein comprenant :

• Un enseignement théorique : Ces cours sont donnés dans le cadre du MC interuniversitaire groupant 7 Facultés de médecine.
• Des séminaires
• Une formation clinique encadrée

En outre, 15 heures de cours à option à choisir entre :
INTR2291   Exploration fonctionnelle cardiaque [15h]
INTR2292   Exploration fonctionnelle pulmonaire [15h]
MDTR3180   Evaluation d'incapacité de travail et invalidités [15h] 
PNEU2110   Compléments de pneumologie [15h]
PNEU2120  Compléments d'allergologie clinique [15h]