Parallèlement à sa formation pratique, le candidat spécialiste suit un enseignement universitaire organisé de la façon suivante :
 
Première partie - Formation de base (FUS)
 
Deux années de formation comprenant :

• Un enseignement théorique : Compléments d'endocrinologie en obstétrique et en gynécologie, Grossesses à risque et médecine foetale, Modalités diagnostiques et thérapeutiques en stérilité et oncologie, Echographie obstétricale, Andrologie, Pathologie des organes génitaux externes, Gynécologie de l'adolescence et sexologie, Notions de base en chirurgie et en anesthésie générale et loco-régionale, Oncologie gynécologique.
• Des séminaires : Séminaire de gynécologie obstétrique
• Une formation clinique encadrée : Démonstrations obstétricales, Démonstrations gynécologiques et andrologiques

 
En outre:
 
des conférences interuniversitaires (obstétrique - diagnostic antenatal - oncologie - sénologie - chirurgie gynécologique)
 
Deuxième partie - Formation supérieure
 
Trois années de formation comprenant : 

• Un enseignement théorique : Echographie obstétricale, Andrologie, Pathologie des organes génitaux externes, Gynécologie de l'adolescence et sexologie, Oncologie gynécologique.
• Des séminaires : Séminaire de gynécologie obstétrique
• Une formation clinique encadrée : Démonstrations obstétricales, Démonstrations gynécologiques et andrologiques

 
Durant la dernière année, le candidat spécialiste aura la possibilité de s'inscrire au certificat universitaire (CE) de gynécologie oncologique.
 
Pendant, ces trois années, le candidat spécialiste fera un stage de 6 à 12 mois dans un service de chirurgie où se pratique surtout la chirugie abdominale. Il pourra en outre effectuer un stage de 6 mois dans une des spécialités prévues par l'AM, avec l'approbation de la commission de sélection et de la conmmission d'agrément ministérielle.