Le tronc commun du programme (90 crédits) comprend obligatoirement un mémoire, des cours de langues bibliques (hébreu, araméen, grec bibliques) dispensés par l'Institut orientaliste de la Faculté de philosophie, arts et lettres, des cours d'exégèse biblique dans les deux Testaments (dont deux séminaires) et des activités générales. L'étudiant choisit en outre une des deux finalités proposées (approfondie ou didactique) pour un total de 30 crédits. La finalité didactique est identique à celle proposée dans le master en théologie.