Parallèlement à sa formation pratique, le candidat spécialiste suit un enseignement universitaire organisé de la façon suivante :
 
Première partie - Formation de base
 
Ces deux premières années de formation comprennent

• un enseignement théorique : Indications opératoires et techniques chirurgicales, y compris la pathologie générale, l'anesthésie loco-régionale et générale, la réanimation et la traumatologie, les soins d'urgences.
• des séminaires (y compris 6h de formation à la communication)
• une formation clinique encadrée organisée dans les services de stages.

 
L'enseignement théorique s'inscrit dans la formation universitaire spécifique (FUS).
 
Deuxième partie - Formation supérieure
 
Quatre années de formation comprenant :

• des séminaires (Séminaires disciplinaires et interdisciplinaires de chirurgie thoracique et vasculaire, de chirurgie digestive et pédiatrique, de transplantation d'organes, de chirurgie vasculaire et thoracique, de chirurgie digestive et pédiatrique, d'oncologie).
• une formation clinique encadrée (Démonstrations cliniques de chirurgie digestive et générale, de chirurgie de transplantation d'organes, de chirurgie vasculaire et thoracique).