A l'issue du bachelier, l'étudiant aura accès, dans le cadre du deuxième cycle d'études de la Faculté des bioingénieurs, à quatre masters : 

• le Master [120] bioingénieur : sciences agronomiques
• le Master [120] bioingénieur : chimie et bio-industries
• le Master [120] bioingénieur : sciences et technologies de l'environnement
• le Master [120] bioingénieur : gestion des forêts et des espaces naturels

En cas de réorientation, l'étudiant est invité à prendre contact avec le Vice-doyen, le professeur Patrick Bogaert.

Par ailleurs, d'autres masters UCL (généralement orphelins) sont largement accessibles aux diplômés bacheliers UCL. Par exemple :

• le Master [120] en sciences de la population et du développement (accès direct pour tout bachelier),
• le Master [120] en études européennes (accès direct pour tout bachelier moyennant mineure en études européennes; sur dossier pour tout autre bachelier),
• le Master [120] en éthique (accès pour tout bachelier moyennant une Année d'études préparatoire au master en philosophie).