Parallèlement à sa formation pratique, le candidat spécialiste suit un enseignement universitaire organisé de la façon suivante :
 
Première partie - Formation de base
 
Deux années de formation visant à familiariser le candidat avec les divers domaines de la chirurgie.
 
Cf. programme de la première partie du diplôme d'études spécialisées en chirurgie générale
 
Le candidat suivra l'enseignement de chirurgie générale auquel il ajoutera des cours à option dans le domaine de l'urologie, de la néphrologie, de l'andrologie et de la gynécologie.
 
L'enseignement théorique des deux premières années s'inscrit dans la formation universitaire spécifique (FUS).
 
Deuxième partie - Formation supérieure
 
Quatre années de formation comprenant :

• Un enseignement théorique : Indications et techniques chirurgicales en urologie de l'adulte, de l'enfant.Indications et techniques endoscopiques en urologie.Troubles fonctionnels en urologie et de la sexualité masculine.
• Des séminaires : Séminaire d'urologie
• Une formation clinique encadrée : Démonstrations cliniques d'urologie
• Des cours à option