La ligne pédagogique du programme est construite selon trois principes directeurs :

Une pédagogie de l'interdisciplinarité
La formation permet de s'ouvrir aux principaux angles théoriques d'approche des problèmes et des pratiques de développement territorial. Les activités de groupe favorisent l'ouverture et la confrontation interdisciplinaires. Dans les travaux pratiques, l'exigence de communication porte sur la formulation de synthèses faisant apparaître la complémentarité des approches.

Une pédagogie du projet
La formation met l'accent sur le développement de savoirs, savoir-être et savoir-faire nécessaires à la conduite de processus de changement territorial dans un milieu décisionnel complexe. Il s'agit d'être capable d'anticiper des évolutions sociétales et de mettre en évidence des scénarios auxquels puisse se référer une stratégie territoriale globale et sur lesquels puissent s'articuler des opérations particulières : (re)aménagement de sites, développement de réseaux de transport, création de nouveaux quartiers, etc .

Une pédagogie fondée sur des expériences territoriales concrètes
La formation réserve une large place à l'analyse critique d'expériences, notamment celles portées par les participants. Elle repose aussi sur des exercices de terrain posant des problèmes d'actualité et menés en équipe avec la participation des enseignants concernés, avec l'objectif de déboucher sur des propositions collectives d'intervention à soumettre au débat public.