Le programme de Master en Théologie assure une formation approfondie dans les différents domaines de la théologie (exégèse, histoire, dogmatique, éthique, pastorale) tout en offrant soit une formation à la recherche dans un domaine particulier (finalité approfondie) soit une formation à l'enseignement (finalité didactique).

Dans chaque domaine, l'étudiant est confronté à l'approche d'une question spéciale approfondie en lien avec des problématiques actuelles importantes, de manière à acquérir une méthode de travail rigoureuse et un esprit critique. Des activités au choix lui permettent non seulement d'approfondir la spécialité choisie mais aussi de s'ouvrir à d'autres problématiques et formations en lien avec ses centres d'intérêt (par ex. : Master en Études bibliques, Master en Sciences des religions).