L'étudiant qui souhaite s'engager dans une carrière de recherche (PhD) choisit, en quatrième année de Master, la finalité approfondie. Le programme est constitué de stage dans un laboratoire de recherche (24 crédits) et d'un ensemble de cours choisis en fonction du projet de l'étudiant (6 crédits), parmi l'ensemble des cours principalement dispensés dans le cadre des différents Masters de la faculté de Médecine, en accord avec son promoteur. La finalité approfondie ne permet pas d'accéder à une spécialité médicale.