La durée de la formation telle que définie par la Directive CEE89/594 transposée en droit belge par l'AR du 5 septembre 2006 est d'une durée de 4 années. Elle combine une formation théorique et une formation pratique.

La formation académique est répartie sur deux années d'études.

La première année d'études comprend des cours théoriques et pratiques et l'exécution d'un stage d'une durée de 8 semaines dans un service médical agréé par le Comité de programme. Au terme de cette première année d'études, un certificat est délivré, conformément aux conditions fixées par l'Arrêté Royal du 5 mars 1970 pour l'exercice de la médecine du travail en Belgique.
 
La seconde année d'études comprend l'exécution et la défense d'un travail original (d'un "mémoire" - ce mémoire devrait servir de base à la publication exigée par l'A.M. du 09.03.1979 publié le 15.03.1979), d'une étude de cas pratique, la participation à des séminaires, conférences et colloques scientifiques ainsi qu'une formation pratique dans des services de médecine du travail ou autres selon un plan de stage préalablement agréé par le Comité de programme. Au terme de cette seconde année d'études, le diplôme de master complémentaire en médecine du travail est délivré. Ce diplôme répond aux exigences de la Directive du Conseil de la CEE 89/594 et de l'AR du 5 septembre 2006.
 
Une brochure détaillée décrivant le contenu du programme peut être obtenue au secrétariat de l'Unité de toxicologie industrielle et de médecine du travail.
 
Les cours sont répartis sur deux jours par semaine.