Le programme du master en santé publique est conçu pour favoriser au maximum la construction et le développement des compétences professionnelles des futurs cadres dans le champ de la santé.
Pour y tendre sont privilégiés les éléments suivants :
- Des activités d'enseignement centrées sur les réalités de la pratique de la santé publique : analyse de problèmes, études de cas, interventions d'experts professionnels, en petits groupes d'étudiants regroupés suivant leur option, etc.
- L'articulation théorie/pratique est au coeur du dispositif pédagogique grâce à de nombreuses activités d'intégration et à un enseignement par blocs matières
- La prise en compte du projet de formation et professionnel de l'étudiant grâce à la possibilité d'ajuster le programme de base. Ce projet peut également être le « fil rouge »  des différents travaux et se concrétiser dans le mémoire.
- La confrontation d'idées et le débat  sont également encouragés lors des travaux de groupe, des moments d'échanges de pratiques, des activités d'intégration en groupes restreints. Cette confrontation contribue également à l'apprentissage de l'interdisciplinarité
- L'acquisition de compétences transversales (analyse, argumentation, synthèse, transfert, etc.) passe également par une approche de l'évaluation portant davantage sur l'intégration des connaissances que sur leur restitution.
- L'enseignement est assuré par une équipe d'enseignants académiques et d'experts du terrain.

Le recours à l'e-learning sera également développé notamment pour faciliter le travail de groupe.