La stratégie d'enseignement s'inspire du concept « gérer sa formation ». Dans le tronc commun, l'étudiant a le choix entre une série d'activités de sciences humaines et peut choisir librement 11 crédits dans l'ensemble des programmes de Master BBMC ou BOE. Dans chaque option, il dispose de 10 crédits (BBMC) ou de 14 crédits (BOE) pour orienter sa formation vers un total de huit domaines différents de la biologie. L'apprentissage se fonde en majeure partie sur le travail personnel : lectures, consultation de bases de données et de références bibliographiques, présentation de séminaires, travaux de terrain et de laboratoire...