| Né en 1807 à Aschaffenbourg en Allemagne, Charles-Joseph Windischmann, fils d'un professeur de médecine etde philosophie à l'université de Bonn, est éduquépar son père pendant ses onze premières années.
Après le collège, il entreprend des études de médecine à l'université de Bonn dont il est diplômé en 1831.
Elève du célèbre physiologiste Johannes Muller,il enseigne la physiologie ainsi que l'anatomie pathologique et comparée pendant deux ans dans son Alma Mater.
En 1835, pour des raisons de santé (tuberculose pulmonaire),il est forcé d'abandonner ses cours. Il se rend à Hyères en Provence et, après une année passée dans le sud de la France, son état se trouve fortement amélioré.
Le corps épiscopal belge le nomme titulaire de la chaire d'anatomie à l'Université de Louvain en 1836, remplaçant Maximilien Michaux.Il fait partie du groupe des neuf professeurs dela Faculté de médecine après la réouverture de l'Université catholique en 1835.
Après deux ans, la maladie le contraint à renoncer àson enseignement en novembre 1838. Il retourne à Hyères oùil décède en mars 1839, âgé de 31 ans. Theodor Schwann lui succède.
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