Le cheminement vers le bilinguisme des cours dont le début remonte à 1890, est résumé par Christian Laporte aux pages 36 à 43 du livre "L'affaire de Louvain : 1960 - 1968" - Ed. De Boeck & Larcier Paris, Bruxelles (1999). 

En 1912, A. Noyons (d'origine néerlandaise) a été le premier professeur enseignant la physiologie en flamand, comme suppléant de E. Masoin.
Le mouvement s'est accéléré à partir de 1920. Un premier programme des cours bilingue apparaît pour l'année 1927-1928.

En 1930, bien que le programme des cours soit publié dans les deux langues, seuls les cours de candidatures se donnent en français et en flamand. La majorité des cours de 2ème et 3ème doctorat se donnent encore exclusivement en français.
Mentionnons ci-après quelques étapes par spécialité.

Anatomie :
A partir de 1920, l'anatomie est enseignée dans les deux langues par Ch. Nelis, d'origine brugeoise. A son décès en 1935, E. Van Campenhout enseigne en français et G. Vander Schueren occupe la chaire en flamand.

Anatomie pathologique :
Cet enseignement confié à J. Maisin en 1923 se donne en français. P. Brusselmans le débute en flamand en 1930.

Bactériologie :
R. Bruynoghe enseigne dans les deux langues à partir de 1920. Il poursuit en flamand jusqu'à son éméritat en 1952, ensuite P. De Somer continue en flamand.

Chimie physiologique :
Enseignée en français par F. Malengreau, le cours de chimie physiologique se donne aussi en flamand par P. Putzeys à partir de 1927.

Chirurgie :
Pathologie.
Enseignée en français par O. De Mees, quelques cours sont donnés en flamand à partir de 1925 par R. Appelmans puis l'entièreté de la pathologie en 1931, matière reprise en 1933 par A. Lacquet, lorsque, R. Appelmans occupe la chaire de clinique chirurgicale.
Clinique
La chaire de clinique est occupée par G. Debaisieux en français; elle est occupée en flamand par R. Appelmans à partir de 1933, puis par A Lacquet en 1954.

Gynécologie-obstétrique :
L'enseignement est assuré par R. Schockaert en français et, à partir de 1933 en flamand par J. Schockaert.

Histologie :
L'histologie est enseignée en français par J. Havet jusqu'à son éméritat en 1936, puis par E. Van Campenhout en français et P. Brusselmans en flamand.

Médecine interne :
Pathologie
A partir de 1929, la pathologie interne est enseignée en flamand par F. Van Goidsenhoven (par L. Maldague en français), puis en 1933 par J. Hoet.
Clinique
La chaire est occupée par A. Lemaire en français jusqu'à son décès en 1933, puis par F. Van Goidsenhoven en flamand et L. Maldague en français.

Neurologie :
Enseignée d'abord en français par P. Van Gehuchten depuis 1927. Ce dernier donne le cours dans les deux langues à partir de 1935.

Pharmacologie :
Enseignée en flamand depuis la fin des années 20 par J. Hoet jusqu'en 1935, lorsque A. Simonart reprend le cours dans les deux langues.

Physiologie :
Enseignée en flamand par A. Noyons à partir de 1912, puis, après son départ en 1927, J. Bouckaert et J. Colle donnent les cours dans les deux langues.

En 1940, la mutation est complètement accomplie. A défaut d'un professeur enseignant dans les deux langues ou d'un titulaire flamand, un suppléant (remplaçant) accompagne le titulaire francophone qui ne maîtrise pas la deuxième langue.

Ci-dessous la liste des enseignants en français et en flamand en 1940.

Des professeurs enseignants en flamand vers la fin des années 1940

La situation reste assez stable pendant 22 ans sous le rectorat de Mgr H. Van Waeyenbergh (1940 - 1962), mais un mouvement séparatiste flamand revendiquant le droit du sol s'intalle à Louvain au début des années 60. L'histoire nous apprend :

* Mgr A. Descamps adresse une lettre circulaire au corps académique pour faire part de l’option choisie par les évêques, à mettre en vigueur en octobre 1963 :

" Les facultés comportent désormais deux doyens, deux secrétaires, deux sections. Chaque professeur appartient à une seule section déterminée par la langue de son enseignement le plus important. Pour diverses raisons - par exemple, la volonté de tenir compte d'une haute spécialisation ou de sauvegarder les situations acquises - des professeurs continueront à enseigner dans les deux langues. En conséquence, il est prévu que dans certaines conditions, un professeur puisse aussi participer aux travaux de l'autre section.

Chaque section se réunit régulièrement sous la présidence du doyen; elle traite, indépendamment de l'autre section, tous les problèmes qui, de par leur nature, peuvent et doivent être examinés à l'intérieur de chaque régime linguistique.

La faculté se réunit en assemblée générale au moins une fois par semestre, pour coordonner les activités des deux sections, pour échanger informations et initiatives et pour délibérer des questions d'intérêt commun. Les doyens président l'assemblée générale à tour de rôle et chaque fois pour un an. L'assemblée générale constituera un bureau élargi, composé des deux doyens, des deux secrétaires et de délégués des deux sections dont le nombre sera déterminé par l'autorité académique. Cet organe de coordination se réunit régulièrement pour faciliter la tâche de l'assemblée générale.

En 1962-63, E. Van Campenhout est encore doyen de la Faculté unitaire et P. De Somer, secrétaire académique. 

L'année suivante, P. Lacroix est doyen francophone (secrétaire : X. Aubert) et J. Vandenbroucke, doyen néerlandophone (secrétaire P. De Moor).

Les modalités de la division de la Faculté de Médecine en deux entités autonomes se trouvent dans le rapport de la Commission pour le planning de la médecine, présidée conjointement par Fr. Lavenne et P. De Somer, publié en mai 1966.

La séparation de l'Université en deux universités indépendantes aura lieu en 1968. Mgr E. Massaux sera recteur de l'UCL et P. De Somer, recteur de la KUL.