4.00 crédits
30.0 h + 18.0 h
Q2
Cette unité d'enseignement bisannuelle est dispensée en 2022-2023
Enseignants
Dennis Alice; Page Melissa;
Langue
d'enseignement
d'enseignement
Anglais
Acquis
d'apprentissage
d'apprentissage
A la fin de cette unité d’enseignement, l’étudiant est capable de : | |
| 1 | Aujourd'hui, la biologie des systèmes est largement répandue dans les sciences environnementales. Ce cours est une introduction théorique et pratique à la génomique et à l'analyse protéomique telle qu'elle est le plus souvent appliquée en écologie et biologie des organismes. Il a pour principal objectif de donner à l'étudiant les bases scientifiques et les outils informatiques afin de comprendre la génomique et la protéomique et pouvoir l'appliquer. |
Contenu
Ce cours est donné par deux titulaires en deux parties.
Ce cours a 30 h de volume 1 et 18 heures de volume 2 :
- 18 heures volume 1 + 12 heures volume 2 par Prof Van Doninck à UNamur
- 12 heures de volume 1 + 6 heures de volume 2 par Prof. Melissa Page à UCLouvain
Ce cours est partiellement en lien avec le cours de LBOE2124 Molecular Ecology.
Partie Transcriptomique (Prof. Melissa Page, UCLouvain) :
Théorie : History : Transcriptomics as one tool in the toolkit box- Why is transcriptomics such a huge success in Evolution and Ecology?
Methodology : Experimental procedure - Differences between genomics and transcriptomics - Technological limitations and perspectives of transcriptomics; Another tool in the toolkit box : (e) Quantitative Trait Loci ; Case studies using transcriptomics in Evolutionary Ecology with a focus on studies done with data obtained from the wild : Transcriptomics for understanding the Anthropocene, Stickleback fishes Gasterosteus aculeatus case study, Transcriptomics in butterflies, General conceptual conclusions from these case studies; Conclusions at the methodological level.
Partie TP : analyse d'un transcriptome non publié et identification de gènes candidats impliqués dans la production d'un trait physiologique sous sélection sexuelle, la phéromone sexuelle d'un papillon modèle.
Partie Génomique (Prof. K Van Doninck, UNamur) :
Théorie : - Histoire de la génomique – Évolution des génomes – Les méthodes de séquençage à haut débit – Principes d’assemblage de génomes - Génomique comparative, génomique fonctionnelle – Les applications de la recherche génomique (conférence donnée par Dr. Olivier Jaillon du Genoscope (France) ou autre chercheur qui fait de la recherche de pointe en génomique).
Partie TP : Outils informatiques utilisés pour :
1/ analyser une protéine d’intérêt – recherche d’homologie par Blast – localisation sur génome – analyse fonctionnelle par Pfam – visualisation 3D par Swissmodel,
2/ recherche d’amorces par Primer3 et recherche de sites de restriction par Webcutter ou Nebcutter,
3/ alignement et analyse phylogénétique (ML) des gènes homologues de la protéine d’intérêt,
4/ assemblage de génome E.coli en utilisant des données Illumina (différents paramètres sont testés),
5/ analyses de synténie afin d’étudier l’évolution de génomes.
Ce cours a 30 h de volume 1 et 18 heures de volume 2 :
- 18 heures volume 1 + 12 heures volume 2 par Prof Van Doninck à UNamur
- 12 heures de volume 1 + 6 heures de volume 2 par Prof. Melissa Page à UCLouvain
Ce cours est partiellement en lien avec le cours de LBOE2124 Molecular Ecology.
Partie Transcriptomique (Prof. Melissa Page, UCLouvain) :
Théorie : History : Transcriptomics as one tool in the toolkit box- Why is transcriptomics such a huge success in Evolution and Ecology?
Methodology : Experimental procedure - Differences between genomics and transcriptomics - Technological limitations and perspectives of transcriptomics; Another tool in the toolkit box : (e) Quantitative Trait Loci ; Case studies using transcriptomics in Evolutionary Ecology with a focus on studies done with data obtained from the wild : Transcriptomics for understanding the Anthropocene, Stickleback fishes Gasterosteus aculeatus case study, Transcriptomics in butterflies, General conceptual conclusions from these case studies; Conclusions at the methodological level.
Partie TP : analyse d'un transcriptome non publié et identification de gènes candidats impliqués dans la production d'un trait physiologique sous sélection sexuelle, la phéromone sexuelle d'un papillon modèle.
Partie Génomique (Prof. K Van Doninck, UNamur) :
Théorie : - Histoire de la génomique – Évolution des génomes – Les méthodes de séquençage à haut débit – Principes d’assemblage de génomes - Génomique comparative, génomique fonctionnelle – Les applications de la recherche génomique (conférence donnée par Dr. Olivier Jaillon du Genoscope (France) ou autre chercheur qui fait de la recherche de pointe en génomique).
Partie TP : Outils informatiques utilisés pour :
1/ analyser une protéine d’intérêt – recherche d’homologie par Blast – localisation sur génome – analyse fonctionnelle par Pfam – visualisation 3D par Swissmodel,
2/ recherche d’amorces par Primer3 et recherche de sites de restriction par Webcutter ou Nebcutter,
3/ alignement et analyse phylogénétique (ML) des gènes homologues de la protéine d’intérêt,
4/ assemblage de génome E.coli en utilisant des données Illumina (différents paramètres sont testés),
5/ analyses de synténie afin d’étudier l’évolution de génomes.
Méthodes d'enseignement
Cours magistraux en salle ; travaux pratiques avec assistants en salle informatique.
Fichiers ppt de support sur plateforme moodle UCL et UNamur.
Fichiers ppt de support sur plateforme moodle UCL et UNamur.
Modes d'évaluation
des acquis des étudiants
des acquis des étudiants
Pour le Prof. C. Nieberding (partie transcriptomique), c’est un examen formé de questions ouvertes et écrites.
Pour la partie du Prof K. Van Doninck (partie génomique), c’est un rapport écrit (max 5 pages) qui développe un sujet génomique plus en détail.
Pour les deux parties des travaux pratiques, il faut remettre un rapport détaillé du TP.
Il est nécessaire de participer à toutes les séances de travaux pratiques pour obtenir une cote de TP.
Attention :
la réussite de l'examen avec un total de 10/20 est conditionnée par la réussite de chacune des parties (deux parties théoriques, deux parties pratiques) avec min 7/20. La cote globale pour le cours sera la cote de la partie ratée si une des parties est cotée à 7/20 ou est encore plus faible.
Des dispenses partielles valables pour les sessions d'une même année académique sont possibles si l'une, mais pas toutes les parties du cours sont réussies (soit 10/20 ou plus), après demande et accord écrit des titulaires (par mail).
Pour la partie du Prof K. Van Doninck (partie génomique), c’est un rapport écrit (max 5 pages) qui développe un sujet génomique plus en détail.
Pour les deux parties des travaux pratiques, il faut remettre un rapport détaillé du TP.
Il est nécessaire de participer à toutes les séances de travaux pratiques pour obtenir une cote de TP.
Attention :
la réussite de l'examen avec un total de 10/20 est conditionnée par la réussite de chacune des parties (deux parties théoriques, deux parties pratiques) avec min 7/20. La cote globale pour le cours sera la cote de la partie ratée si une des parties est cotée à 7/20 ou est encore plus faible.
Des dispenses partielles valables pour les sessions d'une même année académique sont possibles si l'une, mais pas toutes les parties du cours sont réussies (soit 10/20 ou plus), après demande et accord écrit des titulaires (par mail).
Autres infos
Préalables :
- des connaissances de base en génétique et biochimie sont nécessaires
- les dias vues au cours font office de support didactique
- des articles scientifiques seront analysés au cours.
- des connaissances de base en génétique et biochimie sont nécessaires
- les dias vues au cours font office de support didactique
- des articles scientifiques seront analysés au cours.
Ressources
en ligne
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Bibliographie
- Fichiers ppt des cours; livres et documents de référence sur la plateforme en ligne moodle
Support de cours
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Faculté ou entité
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