d'enseignement
en ligne
Icampus
Cours de mathématique, informatique, biologie, physiologie et génétique des masters BIRA et BBMC.
- Introduction à biologie des systèmes
- Introduction aux notions de réseaux dynamiques et compartimentés
- Formalismes mathématiques et outils logiciels pour l'exploration des données de type omics
- Initiation à la modélisation (exercices pratiques)
d'apprentissage
a. Contribution de l'activité au référentiel AA du programme
Connaître et comprendre un socle de savoirs approfondis dans le domaine de l'analyse et de la gestion de l'information en ingénierie biologique (M1.1, M1.2, M2.2)
Maîtriser des outils spécialisés en Sciences de l'ingénieur ' analyse des systèmes et modélisation (M2.3)
Résumer un état des connaissances (M3.1)
Analyser et interpréter les résultats pour une problématique scientifique complexe (M3.6)
Faire preuve d'une capacité d'abstraction conceptuelle et de formalisation dans l'analyse et la résolution de problèmes complexes (M4.4)
Comprendre et exploiter des articles scientifiques et documents techniques en anglais (M6.1)
Elaborer des schémas logiques pour poser une problématique complexe de façon synthétique (M6.3)
Communiquer de manière synthétique et critique l'état des connaissances dans un domaine specifique (M6.4)
b. Formulation spécifique pour cette activité des AA du programme
A la fin de cette activité, l'étudiant est capable :
· d'appréhender le fonctionnement d'un organisme dans un cadre systémique, à plusieurs échelles ;
· de présenter les spécificités de la biologie des systèmes ;
· d'identifier et comprendre une méthodologie de la biologie des systèmes (systems biology) ;
· d'identifier des publications sur des outils spécialisés (par exemple, Scopus), de prendre contact avec des chercheurs ;
· de synthétiser un sujet et le présenter de manière didactique à un auditoire.
La contribution de cette UE au développement et à la maîtrise des compétences et acquis du (des) programme(s) est accessible à la fin de cette fiche, dans la partie « Programmes/formations proposant cette unité d’enseignement (UE) ».
des acquis des étudiants
Présentation d'un ou plusieurs séminaires (selon le nombre de participants)
Enseignement
Travaux dirigés individuels (en séance). Lecture d'articles, prise en main de modèles ou langages de modélisation. Présentations par les étudiants.
Exclusivement présentiel.
1. Vue générale de la biologie des systèmes
Théorie des systèmes et biologie
Topologie, éléments de graphes et attributs de réseau
Identification des noeuds et cartographie des interactions
Inférence de réseaux
Intégration des données
De la structure à la dynamique
2. Outils informatiques pour l'exploration de données (omics)
3. Langages et études de cas
L-Systems (structure) et FSPM (structure et fonction)
Interactions organisme - environnement
Etudes de cas à diverses échelles (réseau de gène, cellule, tissu, organe, organisme)
Articles choisis de la littérature (liste revue chaque année).
Déposés sur iCampus.
Ce cours peut être donné en anglais.
en charge
