Computational biology [ LINGI2368 ]

• LSINF1121 Structures de données et algorithmique

La biologie calculatoire, ou bioinformatique, traite du développement et de l'application de modèles informatiques théoriques et pratiques pour l'étude de systèmes biologiques. Ce domaine interdisciplinaire inclut des éléments de biologie moléculaire, biochimie, informatique, mathématiques et statistiques. D'un point de vue informatique, il comprend la conception de structures de données et d'algorithmes spécifiques, l'utilisation de systèmes optimisés de gestion de bases de données, des techniques de simulation, d'infographie et d'interfaces WEB.

• comprendre les éléments de base de biologie nécessaires pour la conception, le développement et l'utilisation d'outils bioinformatiques
  
• faire un choix argumenté entre différentes techniques informatiques pour résoudre des problèmes bioinformatiques
• concevoir, développer et utiliser des outils informatiques spécifiques à ce domaine

cours magistraux et séminaires présentés par les étudiants

• Statistiques des séquences
• Recherche de gènes
• Algorithmes d'alignement de séquences
• Analyse phylogénétiques
• Modèles de Markov cachés
• Prédiction de structures
• DNA microarrays
• Analyse d'un génôme complet
• Identification de séquences régulières

Livre de référence

Cristianini Nello et Matthew W. Hahn, «Introduction à la génomique computationnelle, une approche au cas des études", Cambridge University Press, 2006

Supports obligatoires

Le matériel obligatoire pour ce cours est défini comme l'ensemble des documents et de diapositives disponibles sur le site icampus, ainsi que les communications orales et des exposés donnés au cours des conférences, y compris les chapitres de l'ouvrage de référence couverte au cours de ces conférences. Aucun de ces documents ne peuvent être consultés lors de l'examen final (examen à livre fermé).