Analyse des données et modélisation des systèmes biologiques
[BOE2112]
[24h + 36h] 5 crédits
Enseignants : Éric Le Boulengé
Langue d'enseignement : Français
Niveau : Second cycle
Objectifs (en termes de compétences)
" Former des utilisateurs avertis des méthodes actuelles les plus courantes pour l'analyse et la modélisation de données biologiques
" Sensibiliser les étudiants à la nécessité d'une démarche de planification préalable à toute expérimentation
" Amener les étudiants à une autonomie de base pour l'analyse d'un problème expérimental, la gestion de leurs données, le choix et l'application de méthodes d'analyse adéquate et l'interprétation critique des résultats
" Faire perçevoir aux étudiants les limites de leurs compétences
Objet de l'activité (principaux thèmes à aborder)
Un module de 30 heures est consacré à la mise en pratique sur exemples concrets par les étudiants (analyse du problème, organisation, présentation et illustration des données, choix de la méthode d'analyse et réalisation de l'analyse au moyen du logiciel SAS, interprétation critique).
Un module de 6h est prévu pour la présentation, de préférence par des intervenants extérieurs, d'exemples particulièrement intéressants ou de nouvelles pistes méthodologiques.
Vu son insertion dans le programme BOE, le cours puisera ses exemples surtout dans le domaine écologique.
Résumé : Contenu et Méthodes
Principes (6h) : Régression linéaire, analyse de la variance et de la covariance
" Rappel et approfondissement des matières vues en BAC3
" Rappels de calcul matriciel, interprétation de l'écriture matricielle des modèles
" Introduction à la régression non linéaire
Applications (6h) : Modélisation d'une expérience factorielle dans le domaine écologique
" Facteurs qualitatifs, quantitatifs, fixes, aléatoires, croisés ou non
" Comment construire et valider un modèle adéquat pour un jeu de données ?
" Données manquantes ou mal distribuées : diagnostic et remèdes
" Mise en uvre de l'analyse au moyen d'un logiciel
Module 2 : Analyse multidimensionnelle
Principes (6h) : Introduction aux principales méthodes d'analyse multidimensionnelle
" Matrice de corrélation, diagonalisation, décomposition en vecteurs et valeurs propres
" Analyse en Composantes principales
" Analyse canonique
" Analyse discriminante
" Classification automatique
Applications (6h) : Exemples en écologie, réalisation des analyses et interprétation
" Mise en uvre des analyses au moyen d'un logiciel
" Aides à l'interprétation
" Introduction à l'analyse canonique des correspondances
Module 3 : Mise en pratique
Travaux pratiques et travaux personnels (30h) :
" Apprentissage du SAS, outil logiciel utilisé dans le cadre du cours
" Analyse de données résultant d'expériences réelles (analyse du problème, exploration des données, choix de la méthode d'analyse, application au jeu de données, validation, interprétation des résultats)
Module 4 : Extensions et perspectives
Présentations par des intervenants extérieurs (6h) : exemples originaux d'application, extensions et nouveautés méthodologiques.
Autres informations (Pré-requis, Evaluation, Support, ...)
Évaluation
Les étudiants rédigeront un rapport d'une part de chaque exemple qu'ils auront traité lors des travaux pratiques, d'autre part d'une application originale qu'ils auront choisie en accord avec les titulaires (travail personnel). L'évaluation portera sur ces rapports, celui du travail personnel fera l'objet d'une interview orale.