Ingénierie des protéines en enzymologie
[BBMC2105]
[36h + 18h] 5 crédits
Enseignants : Patrice Soumillion
Langue d'enseignement : Français
Niveau : Second cycle
Objectifs (en termes de compétences)
Objet de l'activité (principaux thèmes à aborder)
1. Science des protéines
1.1. Stabilité, reploiement et dynamique des protéines- thermodynamique de la stabilité et du reploiement des protéines (théorie et méthodes d'investigation)- dénaturation réversible et irréversible - le reploiement des protéines in vivo (mécanisme de reploiement, formation des ponts disulfure, isomérisation des prolines, protéines chaperones, maladies conformationnelles)- méthodes spectroscopiques (FRET, BRET, spectroscopie de molécules uniques)
1.2. Enzymologie - les aspects pratiques (tests enzymatiques, inactivation, design expérimental)- l'estimation des constantes cinétiques (problèmes liés à l'expérience et à l'analyse)- simulation et optimisation (la dérivation des équations de vitesse à l'état stationnaire, l'intégration numérique, l'analyse et l'optimisation des données expérimentales)- les systèmes multi-substrats et multi-enzymes- l'utilisation d'isotopes (effets isotopiques, échange isotopique)- les réactions rapides (état pré-stationnaire, titrage du site actif, " burst kinetics ", techniques expérimentales)
2. Ingénierie des protéines- les techniques de mutagénèse et de combinaison de mutations (mutagénèse dirigée, PCR mutagénisante, incorporation d'oligonucléotides dégénérés, PCR sexuelle)
- le criblage de banques (caractéristiques des tests de criblage, criblage à haut débit, exemples)
- la sélection in vivo (principe, exemples)
- la sélection in vitro (le " phage display " et les méthodes apparentées, la compartimentalisation)
- ingénierie de nouvelles interactions protéine-ligand- ingénierie des enzymes (spécificité, régulation, catalyse)
- la modification chimique des protéines in vitro et in vivo
- ingénierie des protéines in silico
Autres informations (Pré-requis, Evaluation, Support, ...)